6翻了!安诺转录组合作文章9连发
2019.06.12

近期,安诺基因不断收到多位合作客户文章见刊的喜讯!转录组累计发文9篇,发表期刊涵盖Nature GeneticsScience AdvancesBrain等高水平学术期刊,总影响因子72.778,平均影响因子高达8.09。科研成果的产出,是对老师们科研工作的认可,也是对安诺基因认真、专业的服务态度的褒奖。安诺基因转录组科研团队将继续用专业的分析服务回馈广大科研合作伙伴!

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注:上表格文章按发文时间先后排序

以下是小编选取的5篇文章和大家进行分享,让小伙伴们更深入地了解RNA-seq测序技术的应用。


文章一


A transcriptomic regulatory network among miRNAs, piRNAs, circRNAs, lncRNAs and mRNAs regulates microcystin-leucine arginine (MC-LR)-induced male reproductive toxicity

发表期刊:Science of the Total Environment

合作单位:南京大学

IF:4.61


研究总结


前期研究表明,微囊藻毒素-亮氨酸精氨酸(MC-LR)引起的急性和慢性生殖毒性都可导致雄性小鼠精子质量下降和睾丸结构受损。文章采用全转录组测序技术深入探讨慢性低剂量MC-LR处理对小鼠睾丸组织中RNA网络调控的影响。


用低剂量MC-LR处理的小鼠睾丸组织和对照组分别进行全转录组测序分析(由安诺基因完成),鉴定出1,091个mRNA,21个miRNA,644个piRNA,278个circRNA和324个lncRNA在用MC-LR处理的睾丸组织中表达量显著改变。之后通过GO富集分析,确定差异表达基因的生物学功能;最终构建一个竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控关系,并利用MiRanda预测表达变化的RNA功能。研究发现miRNAs、piRNAs、circRNAs、lncRNAs和mRNAs的潜在网络调控对睾丸组织中MC-LR的细胞毒性具有重要影响,为MC-LR诱导的男性生殖毒性的诊断和治疗策略的发展提供了新视角。

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图1 MC-LR诱导后差异表达基因ceRNA调控网络图[1]


文章二


Identification of circular RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary

发表期刊Journal of Endocrinology

合作单位:吉林大学

IF:4.012


研究总结


本研究利用circRNA测序技术(由安诺基因完成)在未成熟(D15)和成熟(D120)大鼠垂体前叶中鉴定出4,123个circRNA,发现32个circRNA在两组间差异表达,并进行了功能富集分析。随机选择8个高表达circRNA进行qPCR表达水平验证。另外,在53个circRNA和57个miRNA之间预测到90个相互作用关系。研究发现,circ_0000964和 circ_0001303可能是作为miRNA海绵体调控Fshb基因。circRNA在未成熟和成熟大鼠垂体前叶中的表达谱可为circRNA在哺乳动物发育和繁殖中的作用研究提供更多的参考信息。

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图2 成熟和未成熟大鼠垂体前叶中circRNA的表达模式分析结果[2]


文章三

Bach1 regulates self-renewal and impedes mesendodermal differentiation of human embryonic stem cells

发表期刊Science Advances

合作单位:复旦大学

IF: 11.511


研究总结


本研究采用转录组测序(由安诺基因完成)等技术发现Bach1在维持人胚胎干细胞自我更新中发挥着重要的作用,Bach1蛋白可以和多能性因子Nanog、Sox2和Oct4相互作用,并通过招募去泛素化酶USP7维持多能性因子的蛋白质稳定性。在人胚胎干细胞中敲除Bach1基因可促进干细胞向中胚层和内胚层分化,促进心血管前体细胞的分化。


研究首次证实Bach1蛋白在组蛋白甲基化修饰方面发挥着独特的作用,是一种新的表观遗传调控因子。Bach1是干细胞维持自我更新和决定谱系分化中的关键调控因子,在中胚层和心血管早期分化过程中起重要作用,有可能成为干细胞治疗心血管疾病的新靶标。


Bach1是多梳蛋白抑制性复合体2(PRC2复合体)的一个新成员,调控组蛋白赖氨酸三甲基化(H3K27me3)的修饰,抑制中胚层和内胚层分化基因的转录。此外,Bach1还抑制Wnt/β-catenin 和Nodal/Smad2/3 信号通路,抑制人胚胎干细胞向中胚层和内胚层的分化。


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图3 Bach1在维持hESC自我更新和抑制中内胚层分化中起重要作用模式图[3]


文章四


Reactivation of nonsense-mediated mRNA decay protects against C9orf72 dipeptide-repeat neurotoxicity

发表期刊: Brain

合作单位:中国科学院上海生命科学研究院

IF:10.848


研究总结


最近研究表明RNA代谢失调与肌萎缩侧索硬化的发病机制有关。文章借助转录组测序技术由安诺基因完成)分析发现C9orf72 六核苷酸重复序列可以抑制一条称为无义介导的mRNA降解(NMD)通路。然后在细胞、果蝇、小鼠等实验模型中运用多种方法对这一结论进行验证,发现C9orf72双肽重复序列可以抑制NMD(NMD是细胞中清除有害、错误RNA产物的一种监测及防御机制),因此,作者尝试激活NMD通路来阻碍C9orf72重复序列的神经毒性并检验NMD作为药物靶点的可能性。在细胞和果蝇模型中增加NMD通路的核心蛋白UPF1的表达可以有效阻碍C9orf72重复序列的神经毒性。此外,通过对一些潜在的NMD激活剂进行反复验证,发现Tranilast有稳定的激活NMD通路的特征,并可以同样对C9orf72重复序列的神经毒性起到保护作用。本研究结果将促进Tranilast及其他NMD激活剂作为治疗ALS创新药的动物实验及临床研究,为ALS患者带来新的希望。

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图4 NMD靶向基因在不同细胞中表达结果[7]


文章五


Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement

发表期刊: Nature Genetics

合作单位:华中农业大学

IF: 27.125


研究总结


该研究以热带小粒玉米品种(SK)为材料,组装了高质量的热带玉米参考基因组,其大小为2.32 Gb, contig N50达到15.78 Mb,共注释获得了43,271个基因。进一步利用热带玉米SK基因组、温带玉米B73和Mo17基因组及521份玉米自交系的重测序数据,鉴定出了80,164个多态性结构变异,构建了玉米的结构变异图谱,该研究为玉米重要农艺性状相关基因的定位提供了重要参考。此外,该研究定位了一个同时控制粒型和粒重的数量遗传位点qHKW1,克隆了ZmBAM1d基因(ZmBARELY ANY MERISTEM1d)。进一步研究发现,这个基因正向调控玉米粒重,且过表达和敲除这个基因对其它农艺性状没有影响(其中RNA-seq工作由安诺基因完成)

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图5 过表达和敲除基因ZmBAM1d的植株中差异表达基因GO富集分析[9]

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参考文献:

[1] Meng Xiannan, Peng Haoran, Ding Yuanzhen, et al. A transcriptomic regulatory network among miRNAs, piRNAs, circRNAs, lncRNAs and mRNAs regulates microcystin-leucine arginine (MC-LR)-induced male reproductive toxicity[J]. Sci. Total Environ., 2019, 667: 563-577.

[2] Han Dong-Xu, Wang Chang-Jiang, Sun Xu-Lei, et al. Identification of circular RNAs in the immature and mature rat anterior pituitary[J]. J. Endocrinol., 2019, 240: 393-402.

[3] Wei Xiangxiang, Guo Jieyu, Li Qinhan, et al. Bach1 regulates self-renewal and impedes mesendodermal differentiation of human embryonic stem cells[J]. Sci Adv, 2019, 5: eaau7887.

[4] Wang Rui, Xu Shengjun, Sun Haishu, et al. Complex regulatory network allows Myriophyllum aquaticum to thrive under high-concentration ammonia toxicity[J]. Sci Rep, 2019, 9: 4801.

[5] Duan Zhiqiang, Deng Shanshan, Ji Xinqin, et al. Nuclear localization of Newcastle disease virus matrix protein promotes virus replication by affecting viral RNA synthesis and transcription and inhibiting host cell transcription[J]. Vet. Res., 2019, 50: 22.

[6] Wang Rui, Xu Shengjun, Jiang Cancan, et al. Transcriptomic sequencing and co-expression network analysis on key genes and pathways regulating nitrogen use efficiency in [J]. Int J Mol Sci, 2019, 20: undefined.

[7] Xu Wangchao, Bao Puhua, Jiang Xin, et al. Reactivation of nonsense-mediated mRNA decay protects against C9orf72 dipeptide-repeat neurotoxicity[J]. Brain, 2019, undefined.

[8] Song Yongan, Ma Ting, Zhang Xueyan, et al. Apatinib preferentially inhibits PC9 gefitinib-resistant cancer cells by inducing cell cycle arrest and inhibiting VEGFR signaling pathway[J]. Cancer Cell International, 2019, 19:117.

[9] Yang Ning, Liu Jie, Gao Qiang, et al. Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insights into structural variation and crop improvement[J]. Nat. Genet., 2019, 51: 1052-1059.


文案:转录组产品经理 范如婷

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